Описание на обществената поръчка
Консумативи за секвениране на панел от гени със система за секвениране от следващо поколение Ion GeneStudio™ S5 и Ion Chef:
2.1. Мултиплексен панел от гени, включващ изброените — CSF3R, MPL, JAK1, JAK2, NRAS, KRAS, DNMT3A, CXCR4, SF3B1, IDH1, IKZF2, MYD88, RHOA, GATA2, TERC, KIT, SRP72, TET2, FBXW7, TERT, NPM1, DDX41, IKZF1, CUX1, BRAF, EZH2, PAX5, ABL1, NOTCH1, ANKRD26, ATM, CBL, ETV6, FLT3, BRCA1, BRCA2, ATG2B, GSKIP, IDH2, PLCG2, TP53, IKZF3, STAT3, PPM1D, SRSF2, SETBP1, CALR, CEBPA, ASXL1, RUNX1, U2AF1, ZRSR2, BCOR, BTK, STAG2. Да позволява амплификация на изброените таргетни гени в 2 пула. Опаковка за 500 реакции, прогн. количество 4 оп.
2.2. Кит за бърза подготовка на библиотеки от ампликони за секвениране със секвенатор от ново поколение на полупроводников принцип. Форматът на кита да позволява както автоматизирана, така и ръчна подготовка на библиотеките. Да може да се ползва с готови панели от праймери или такива по поръчка на клиента. Да позволява провеждане на високо мултиплексен PCR чрез използването на от поне 3 000 двойки праймери. Мултиплексният PCR да осигурява високоспецифично и равномерно покритие на таргетните райони. Да позволява използване на ДНК от различни източници, включително и FFPE тъкан, необходимо количество — 10 нанограма. Да позволява подготовка на до 96 баркодирани библиотеки. Да включва не повече от 1 стъпка на пречистване. Да осигурява чисто нарязване на пробите с цел ефективна пробоподготовка. Опаковка за 384 реакции. Да е съвместим за работа с Ion GeneStudio™ S5 и Ion Chef, прогн. количество 5 оп.
2.3. Набор от 384 уникални олигонуклеотидни адаптори за баркодиране на проби при мултиплексен анализ чрез секвениране от ново поколение. Да са с дизайн оптимизиран за работа със секвенатор на полупроводников принцип Ion GeneStudio S5. Опаковка за 3840 реакции, прогн. количество 1 оп.
2.4. Кит за нормализиране концентрациите на библиотеки за при подготовка за секвениране от ново поколение. Да съдържа набор от праймери, частици и буфери за нормализиране. Опаковка за 96 реакции. Да е съвместим за работа с Ion GeneStudio™ S5 и Ion Chef, прогн. количество 2 оп.
2.5. Кит за автоматизирана подготовка на матриците за секвениране, зареждане на чипове и секвениране за секвенатор от ново поколение на полупроводников принцип. Опаковка за 8 ръна. Да е съвместим за работа с Ion GeneStudio S5 и Ion Chef, прогн. количество 18 оп.
2.6. Чипове за масивно паралелно секвениране, съвместими за работа с Ion GeneStudio S5 и Ion Chef. Да осигуряват 60—80 милиона прочита за 2,5 часа. Опаковка от 8 броя, прогн. количество 18 оп.
2.7. Частици за пречистване на олигонуклеотидни библиотеки при подготовка за секвениране от следващо поколение — без необходимост от центрофугиране или филтрация. Опаковка от 60 мл, прогн. количество 2 оп.
2.8. Кит за високочувствително количествено измерване на двойноверижна ДНК, високоселективен за двойноверижна ДНК (dsDNA) над РНК и точен за начални концентрации от 10 pg/μL до 100 ng/μL; с количествен обхват — 0,2 — 100 ng. Китът да включва dsDNA HS работен разтвор (1Х), dsDNA HS стандарт #1 и dsDNA HS стандарт #2 в TE буфер. Да е съвместим с Qubit флуорометър. 500 рeакции/опаковка, прогн. количество 5 оп.
2.9. Кит за високочувствително количествено измерване на РНК, високоселективен за РНК. Да осигурява точно измерване при концентрации на пробите 250 pg/μL до 100 ng/μL. Да е съвместим с Qubit флуорометър, 500 рeакции/опаковка, прогн. количество 5 оп.
2.10. Тънкостенни полипропиленови епруветки с обем 0,5 мл за Qubit флуорометър. 500 броя/опаковка, прогн. количество 5 оп.
2.11. Кит за автоматизирана подготовка на библиотеки за секвениране, съвместим с наличен апарат Ion Chef или еквивалентен. Да е съвместим с панели от 1 или 2 пула гени. Да позволява едновременна подготовка на 8 проби с 1 рън. Опаковка за 32 проби, прогн. количество 5 оп.